Per la mancata iscrizione al Sistri si profilano sanzioni pesantissime.
Le previsioni sono contenute nello schema di decreto legislativo che il Governo sta elaborando per il recepimento della direttiva 2008/98/Ce sui rifiuti, destinato a sostituire la parte quarta del Codice ambientale (decreto legilsativo 152/2006).
Chi non si iscrive al Sistri (essendo obbligato) si "autoestromette" dal sistema di legalità stante il collegamento e il controllo strettissimo tra tutti i soggetti della filiera. L'articolo 260 bis dello schema di provvedimento, per i soggetti obbligati che non si iscrivono al Sistri prevede l'arresto da tre mesi a un anno o l'ammenda da 2.600 a 26.000 euro se si tratta di rifiuti non pericolosi; l'arresto va da 6 mesi a 2 anni e si aggiunge analoga ammenda per i rifiuti pericolosi. Tuttavia, fino al 31 dicembre 2010 sarà applicata solo la maggiorazione del 50% della quota di iscrizione.
Dal 1° gennaio 2011, dunque, i problemi saranno significativi: i produttori di rifiuti rischiano di essere esposti a pesanti sanzioni solo perchè, ritenendo di produrre un rifiuto non pericoloso, non si iscrivono al Sistri; salvo poi scoprire che il loro rifiuto è pericoloso, il che li obbliga all'iscrizione e li espone alle sanzioni.