Il ministero dell’Ambiente ha raggiunto l'accordo con Confindustria e Rete Imprese, per un'entrata in vigore del SISTRI dilazionata nel tempo. L'accordo, raggiunto nella giornata di mercoledì 25 maggio, stabilisce diverse scadenze per l'entrata in vigore, a seconda dei soggetti coinvolti:
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il 1° settembre 2011 per produttori di rifiuti che abbiano più di 500 dipendenti, per gli impianti di smaltimento, incenerimento, etc. (circa 5.000) e per i trasportatori che sono autorizzati per trasporti annui superiori alle 3.000 tonnellate (circa 10.000);
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il 1° ottobre 2011 produttori di rifiuti che abbiano da 250 a 500 dipendenti e “Comuni, Enti ed Imprese che gestiscono i rifiuti urbani della Regione Campania”;
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il 1° novembre 2011 per produttori di rifiuti che abbiano da 50 a 249 dipendenti;
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il 1° dicembre 2011 per produttori di rifiuti che abbiano da 10 a 49 dipendenti e i trasportatori che sono autorizzati per trasporti annui fino a 3.000 tonnellate (circa 10.000);
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il 1° gennaio 2012 per produttori di rifiuti pericolosi che abbiano fino a 10 dipendenti.
Si prevedono inoltre procedure di salvaguardia in caso di malfunzionamenti del sistema ed una attenuazione delle sanzioni nella prima fase operativa del sistema.